Europejska Karta Naukowca i Kodeks Postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych opublikowane w 2005 r. przez Komisję Europejską zawierają zalecenia dotyczące praw i obowiązków naukowców, instytucji naukowych oraz instytucji finansujących badania.

Celem Europejskiej Karty Naukowca jest stworzenie w Europie konkurencyjnego i otwartego rynku pracy dla naukowców, zwiększenie atrakcyjności zawodu naukowca i intensyfikacja mobilności badaczy, w tym również przepływu między instytucjami akademickimi a biznesem i innymi sektorami gospodarki.

Instytucje, które wdrażają Kartę i Kodeks, świadomie i aktywnie dostosowując własne zasady do zaleceń obu dokumentów, otrzymują od Komisji Europejskiej wyróżnienie: "HR Excellence in Research". Fundacja, jako pierwsza instytucja w Polsce, została w ten sposób wyróżniona w 2012 r.

W 2011 prezes FNP, Maciej Żylicz podpisał "Deklarację poparcia dla stosowania zasad Europejskiej Karty Naukowca oraz Kodeksu Postępowania przy rekrutacji pracowników". W kolejnym kroku Fundacja przygotowała analizę zgodności swoich procedur i sposobu działania z zaleceniami Komisji, a na jej podstawie plan działań służących pełniejszej implementacji zasad Europejskiej Karty Naukowca i Kodeksu Postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych. Po weryfikacji tych dokumentów 25 czerwca 2012 r. Komisja przyznała Fundacji wyróżnienie "HR Excellence in Research".

Wdrażanie Europejskiej Karty Naukowca i Kodeksu Postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych rozumiane jest jako proces ciągły, wymagający regularnej ewaluacji i doskonalenia działania instytucji. W 2014 r. Fundacja przeprowadziła wewnętrzną ewaluację wdrażania zasad, a w szczególności realizacji działań zaplanowanych dwa lata wcześniej. W 2017 r. przeprowadzono  kolejną analizę postępów w urzeczywistnieniu zaleceń Karty i Kodeksu. W 2018 r. Zgodność działania Fundacji z zasadami Karty i Kodeksu poddana została ocenie zewnętrznych ekspertów Komisji Europejskiej. Ocena ta wypadła bardzo pozytywnie i Fundacja utrzymała wyróżnienie "HR Excellence in Research".

Z uwagi na zmiany naszych programów i procedur, a także całego systemu instytucjonalno-prawnego, w ramach którego działamy, wdrażanie zasad Karty i Kodeksu jest procesem ustawicznym. Wciąż identyfikowane są nowe luki i wyzwania w tej sferze i wciąż dyskutowane są nowe działania.